朴大焕毛发移植术副作用主要包括：移植的头发需要定期修剪，不修剪会长得和头发一样长，出现戏剧性的效果。由于发际线粗细的不同，移植后眉毛睫毛的自然程度不同，并略显粗硬。一旦觉得修剪很麻烦，想重新复原需要进行双眉切除术或激光脱毛。


此外，朴大焕毛发移植术的缺点还包括：植发会出现并发症，嫩肤囊肿、一过性手术引起的脱发（又称终末期脱发）、瘢痕等。在设备方面，常用的有宝石刀和种植笔。宝石刀是外科医生常用的工具，服科医生就经常会用到；其切口是直线型的，切出一个微小的创伤口，之后把毛囊用领子种植进去。而种植笔则是毛发移植专用的工具，英文里叫这类器械为“种植针”，它非常像一个注射器，功能也类似。医生会把毛囊先填充在种植笔里，然后用针头在头皮上播出一个针眼儿，把毛囊推送进去。种植针和种植笔类似，也是针头的形态，但不是主动推送毛囊而是用镊子再把毛囊人工地种植进去。在进行手术前两天一定不能喝一些刺激性饮料，比如一些酒精含量高的，因为酒精不仅有抗凝血作用，而且还有扩展血管加快血液循环的作用，这对植发手术中微型切口的自然止血非常不利。植发取不会留下明显瘢痕，枕部供区会留下线形瘢痕，有头发遮挡时不明显。